O CIGEF organiza o cumprimento da sua missão através de linhas, projetos e atividades de investigação, nos termos do presente regulamento. Há três linhas de pesquisa que orientam as ações do CIGEF:
- Educação e Ciência,com enfoque para os efeitos da desigualdade de género na educação (em todos os níveis), na produção e reprodução do conhecimento, no desenho de políticas públicas e na intervenção social.
- Dinâmicas Familiares,com destaque para o histórico da diversidade das organizações familiares e efeitos das conceções de famílias na produção legislativa, nas categorias do conhecimento, na produção e sistematização de informações e nos desenhos de políticas públicas e de ações de intervenção social.
- Sexualidade, Género e Poder,destacando as implicações do género na sexualidade, no trabalho, na participação no poder, na linguagem e na violência.