Entre as unidades orgânicas da Uni-CV, encontram-se os institutos, que contribuem ativamente para a riqueza acadêmica, científica e cultural da instituição. Neste momento, a Uni-CV inclui 5 (cinco) institutos, nomeadamente: Camões - Centro de Língua Portuguesa na Uni-CV; Instituto de Língua Francesa; Instituto de Língua Inglesa Dana Molher-Faria; Instituto Confúcio; e Instituto GeoGebra.